Die Flußperlmuschel bevorzugt sommerkühle, sauerstoffreiche, weiche Fließgewässer. Diese werden aber bei uns immer weniger.
So ist die Flußperlmuschel nicht nur in unserer Region, sondern mittlerweile sogar europaweit vom Aussterben bedroht.
Dies hat dazu geführt, dass sie in Deutschland nach der Bundesartenschutzverordnung geschützt ist.
Auch nach der Landesfischereiverordnung von Bayern genießt sie einen besonderen Schutz. So ist die Ausübung der Perlenfischerei nur mit Erlaubnis der Regierung zulässig.
Die Europäische Union hat die Flußperlmuschel in den Anhang II der Fauna-Flora-Habitat (FFH)-Richtlinien aufgenommen. Darin sind Tier- und Pflanzenarten aufgeführt, die von gemeinschaftlichen Interesse sind und für deren Erhalt besondere Schutzräume ausgewiesen werden müssen.
Auch typische Lebensräume der Flußperlmuschel – natürliche, kalkarme Fließgewässer im Oberlauf – sind unabhängig vom Vorkommen der Art schutzwürdige Lebensraumtypen von gemeinschaftlichen Interesse und als Schutzgebiete auszuweisen (FFH-Richtlinie, Anhang I).
